中美洲航空公司的航线连接拉美和北美，主要飞往中美洲国家，目前已延伸至南北美洲。中美洲和南美洲，有三个主要航空基地（圣萨尔瓦多/圣何塞/利马）。中美洲航空目的地覆盖哥斯达黎加、危地马拉、洪都拉斯、尼加拉瓜、巴拿马、北美洲、加勒比海岛屿和南美洲的20多个国家和40多个城市。所有IATA代号为TA、LR和GU的航班均为中美洲航空公司的航班。中美洲航空公司还与美国航空公司有一家合资企业，提供往返北美、欧洲和亚洲的乘客。中美洲航空公司已成为拉丁美洲第三大航空公司。中美洲航空公司有三个主要中转站：从哥斯达黎加圣何塞到南美洲；由萨尔瓦多的圣萨尔瓦多往返北美和墨西哥；并从秘鲁利马往返于南美洲的主要城市。中美洲航空公司每天提供往返美国和加拿大11个城市以及中美洲和南美洲主要目的地的航班。同时，它也是唯一一家提供飞往古巴和北美航班的航空公司。南美航线以秘鲁利马为主要飞行基地，航班延伸至中、南、北美洲各个目的地。