工商登记行政复议案件主要集中在企业名称纠纷和法定代表人、股东变更登记领域。而且，行政争议往往与相关市场主体的民事纠纷密切相关，增加了复议案件办理的复杂性。
        一是企业名称纠纷。广东省商事登记制度改革起步较早。随着名称登记简化，市场主体数量明显增加。企业名称作为一种财产权，在资源上变得越来越稀缺，企业名称权与商标权、商誉权等权利之间的纠纷也呈现高发态势。二是法定代表人变更纠纷。为争夺公司控制权，新老法定代表人往往通过行政复议等方式向工商机关施压。三是股东变更登记纠纷。股东之间发生利益纠纷后，往往以股东变更登记申请材料签名不实、股权转让协议无效等为由申请撤销。
        工商登记是依申请作出的具体行政行为，工商机关应当审查申请材料是否齐全、是否符合法定形式。实践中，导致行政复议撤销工商登记的原因主要有工商机关未尽到审查义务、具体行政行为主要事实不清、证据不足等。另一种类型是，适用依据错误导致具体行政行为被撤销。例如，某公司申请变更经营期限，某市工商局超出《公司登记管理条例》和国家工商总局报送材料规范的要求，以市政府及所属单位文件为依据，拒绝受理申请人的变更登记申请，属于申请依据错误。
        论行政第三人申请行政复议
        工商机关核准公司法定代表人和股东变更登记，涉及法定代表人和股东自身利益。法定代表人和股东不是工商登记的行政相对人，如何处理其行政复议申请在实践中往往存在争议。一是与工商登记行为是否存在法律上的利害关系，没有明确的判断标准。如公司对营业执照、公司印章失去有效控制而无法使用的，为保证公司正常经营，
        按照规定应当刊登公告宣布作废，并重新刻制印章、补发营业执照、办理股东或者法定代表人变更登记手续。那么，实际掌握公章但拒不配合公司变更登记的其他股东是否符合相关工商登记行为的行政复议申请人？二是申请行政复议的期限难以确定。根据《行政许可法》及公司登记相关法律规定，工商机关作出的是否受理或者准予登记的法律文书应当送达申请人，但没有明确要求送达相关利害关系人。因此，实践中，行政诉讼最长申请期限往往被称为5年，远远长于行政相对人60天的申请期限，导致法律关系不稳定。三是此类案件审理过程中是否需要通知其他利害关系人作为第三人参加复议，以及通知的方式方法难以把握。
        企业名称争议解决
        一是企业名称争议处理程序缺失。总局《企业名称登记管理条例》和《企业名称登记管理实施办法》规定，企业名称纠纷可以由工商机关处理，但没有具体程序可循。由于程序缺失，在实际工作中，基层工商部门往往在登记、监管、办案部门之间相互推诿，对当事人提出的名称争议请求不愿介入处理。二是企业名称权与商标权的冲突。企业名称由地方工商机关核准并冠以行政区划名称，商标由国家工商行政管理总局商标局统一注册。企业名称注册系统与商标注册系统信息不畅，导致企业名称权与商标权纠纷频发。《商标法》第五十八条没有处理“在企业名称中使用他人注册商标、未注册驰名商标作为字号，误导公众，构成不正当竞争”的适用条款。三是缺乏处理企业名称纠纷的手段。根据现行《企业名称登记管理规定》，登记机关有权对登记的不适当的企业名称进行更正；企业不主动变更名称的，登记机关可以强制其变更名称并扣缴钱款
        企业营业执照。但企业名称由企业自主选择，登记机关不能强制企业另取名称。企业拒不变更的，登记机关缺乏制约手段。目前，《广东省商事登记条例》规定，“对认定为不适当的商事主体名称，登记机关应当责令商事主体限期改正；拒不改正的，可以在名称库中直接删除经营主体名称，暂用商事主体统一社会信用代码替代，并将商事主体以统一社会信用代码列入经营异常名录，通过商事主体信用信息公示系统予以公示。“但地方性法规受法律位阶和地域性的限制，其处理结果难以得到省外认可。
        工商登记审查标准
        一是形式审查与实质审查界限模糊。现行企业登记法律法规对工商登记实行形式审查为主，实质审查为辅，但实质审查的启动条件模糊表述为“公司登记机关认为申请文件、材料需要核实的”“申请材料的实质内容需要依照法定条件和程序核实的”，实践中难以操作。二是司法审查与行政审查标准不一致。虽然国务院批复的《注册资本登记制度改革方案》明确提出，“尊重市场主体民事权利，工商行政管理部门在工商登记环节对申请材料进行形式审查。股东与公司、股东与股东之间因工商登记纠纷产生民事纠纷时，当事人依法向人民法院提起民事诉讼，寻求司法救济。“但是，法律规定的模糊性以及司法、行政对法律规定理解上的差异，必然导致理解和执行上的冲突。实践中，多数法官仍以实质审查标准来认定登记行为的合法性。即使他们认为工商机关尽到了审查责任，没有过错，但因他人提交虚假材料导致登记行为的主要证据不足，判决被撤销或确认违法，诉讼费用由工商机关承担。三是缺乏认真考核的量化标准。根据《最高人民法院关于审理行政许可案件若干问题的规定》，
        “根据第十三条的规定，人民法院要求工商机关在登记中履行谨慎审查义务，但这一判断标准主观较大，缺乏量化标准，在实践中难以准确把握。
        缺乏撤销企业登记的程序
        一是企业登记机关缺乏撤销企业登记的程序。目前已经明确，注销公司登记不属于行政处罚。行政许可法、公司法等相关法律法规对注销登记作出了规定，但程序不明确。二是缺乏上级部门撤销企业登记的程序。根据《行政许可法》和《企业登记程序规定》的相关规定，企业登记机关及其上级机关有权注销企业登记，但如何区分企业登记机关及其上级机关的管辖范围、上级机关应当申请何种程序注销等问题，没有明确的法律依据。
        地方商事登记制度改革措施与现行法律法规存在冲突
        目前，深圳、珠海已制定本地商事登记地方性法规，还公布了相应的提交材料目录。但上述地区各类商事主体的登记条件、所需材料、审查标准与《公司登记管理条例》等法律法规和国家工商总局制定的提交材料标准不一致。如何适用法律法规乃至相关规范性文件，是行政复议审查的难点。特别是上述经济特区商事登记立法明确规定对登记申请材料进行形式审查，完全摒弃了对实质内容进行核实的要求。本地区登记机关是否仍有认真审查的义务，仍有争议。