公司收个人账户的钱，只要经济业务真实有效，就应该是合法的。但这种做法仍存在一定的风险因素，尤其是金额较大的购销业务，应采取对公结算，避免虚开增值税发票的嫌疑。

1.在企业实际经济业务中，仍存在付款账户与开票单位不一致的情况。比如很少有公司提前给员工支付相应酒店的住宿费，基本都是员工当期垫付的，支付给酒店的押金和住宿费结算，而开具的发票是给员工的。除非酒店和员工单位是承包单位，否则企业会定期和酒店算账。

此外，企业与商家之间，企业采购人员临时付款在企业零星采购时时有发生，也导致付款人与开票单位不符。

这类问题，在20世纪全面实施营改增涉及进项税抵扣的时候，就有了专门的答案，即纳税人无论通过私人账户还是公共账户支付住宿费，只要购买的住宿服务符合现行规定，都可以抵扣进项税。更重要的是，需要补充的是，不仅是住宿费，纳税人购买的其他任何商品和服务，都不存在因支付账户不同而限制进项税抵扣的情况。

二、避免假发票的发生。

在企业生产经营中，只要在真实的业务背景下开具增值税发票，就是合法有效的。但同时也要按照税法的规定和要求开具发票，办理经济业务，避免不必要的麻烦。

如果企业在开具增值税发票的过程中需要满足“四流合一”的要求，“四流合一”就是货物、资金、合同、发票四流。即企业发的货，收的现金，签的合同，开的发票，都是同一个买方。如果某个环节出现不一致，双方需要在合同中进行详细约定。例如，在集团企业中，一些大宗物资在集团内部统一采购，一些环节如货流、现金流、发票流等。会不一致，所以可以在合同中明确约定。

开具增值税发票时“四流合一”的实质是证明企业经济业务的增值税抵扣链条完整，否则难以证明企业经济业务的真实性，也难以判断企业是否虚开增值税发票。

第三，企业需要加强开具发票的管理行为。

1.企业要适当控制员工出差费用以外的个人支付，比如外出住宿，否则会带来不必要的麻烦。不要断开增值税抵扣链中的任何一个环节；有时候，即使不是主观故意，也会给企业带来虚开发票的风险。

2.有时，由于资金短缺，股东或股东向外借款支付企业的物资采购。在这种情况下，股东或向股东借款的单位或个人不应将资金直接支付给卖方。正确的做法是将股东或股东借入的资金转入企业的法人账户，由企业与股东或股东借入资金的一方签订借款协议或合同，再由企业法人法人账户将材料货款支付给卖方。这样，增值税抵扣的链条就完整了。

此外，由个人支付企业的材料采购资金会有一些弊端，会给企业对材料采购和库存实施有效的内部控制和相关管理带来不便。

总之，公司账户收个人账户的钱，只要经济业务真实有效，合法性没有问题。但是，这种做法仍然存在一些风险因素，特别是在金额较大的购销业务中，应采用公司结算的方式，以利于企业的内部控制和管理，并在一定程度上降低风险