子公司必须独立核算，独立申报纳税。分公司不是独立法人，可以独立核算，所得税可以在总公司合并汇算清缴。1.企业所得税规定：子公司单独计算应纳税额，在注册地纳税，适用月(或季)预缴、年终汇算清缴的规定。分公司成立后，企业所得税的征收管理执行跨地区征收企业所得税的规定。有关企业所得税审批和备案事项，由子公司自行收集整理资料，向当地主管税务机关申报所得税。分公司由总机构汇总整理信息，向总机构所在地的主管所得税税务机关申报。2.其他税种对增值税的影响，根据《增值税暂行条例》规定：固定业户应向其机构所在地主管税务机关申报纳税；总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当向各自所在地的主管税务机关申报纳税。所以无论是设立子公司还是分公司，都需要在机构所在地缴纳增值税。其他地方税，如房产税、土地使用税等，必须在资产所在地缴纳；而且企业生产经营也要就地缴纳个人所得税。所以无论是设立子公司还是分公司，对项目所在地的地税基本没有影响。法律依据：《中华人民共和国企业所得税法》第五十条除税收法律、行政法规另有规定外，居民企业的注册地为纳税地点；但注册地在境外的，以实际管理机构所在地为纳税地点。居民在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算缴纳企业所得税。103010第二十二条增值税纳税地点： (一)固定业户应当向其机构所在地主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县(市)的，向各自所在地主管税务机关申报纳税；经国务院主管财政税务机关或其授权的财政税务机关批准，总机构可以向总机构所在地主管税务机关申报纳税。