八 在写这篇文章之前，我写了一篇关于基因检测的文章，大概介绍了下一步检测的注意要点。但还是有很多人问，市面上比较好的基因检测公司和产品是谁做的，除了价格，他们的优势在哪里，有什么区别？很少介绍检测公司的技术实力和产品的优缺点。本着从过去的错误中吸取教训和拯救生命的精神，我愿借你一双慧眼。 如果你没有读过我的文章，首先集中回答几个关于测试的问题： 1.是不是所有的肿瘤患者都需要检测？ 广义来说，所有癌症患者都可以接受基因检测。除了检测肿瘤的常规突变和服用靶向药物。如果，对于一个肿瘤患者来说，其他药物治疗都失败了，指南中规定的那些药物都没有效果，如果想超越指南，那就提前尝试国外更先进的或者临床的药物。但是，不管是已经上市还是处于临床试验研究阶段，不管是国内还是国外，那么他可能会选择测试尽可能多的基因，几十个甚至全部跨癌种。 此外，在使用PD-1时，可以通过检测TMB来预测免疫治疗是否有效，从而节省药物费用，并提前预测超级进展。盲测的概率太低，浪费时间和成本。即使一些肿瘤靶向药物是单一的，但同一肿瘤并不仅限于少数突变，而是其他可能是不常见的和不变的。如果想增加自己的生存概率，最好扩大探测范围。 2.如何选择测试包？ 肿瘤基因检测的范围从简单到复杂。有专门的癌种包，也有大面板的热门基因包，更贵的有全外显子、全基因组检测。总结如下：1 .单癌小样本检测：例如，对于肺癌患者，已知的驱动基因包括EGFR、ALK、KRAS、HER2、BRAF、PIK3CA、AKTI、MEKI、NRAS和MET。如果经济条件有限，当然按照指南建议只检测这些常见的突变基因是没有问题的。 但如果这些基因没有突变，就要考虑是否是其他罕见突变类型引起的，做一些大的面板测试，类似几百个基因，根据价格和经济条件决定。 2.大面板检测：检测数百个基因，无论癌种，都检测到大部分目标突变基因。范围广，覆盖全，尽可能多地检测药物靶基因。不限于指南规定的常见突变，有机会跨指南用药。 3.其他两种测试 全基因组测序(昂贵、耗时，一般用于科研目的)、全外显子测序(综合性价比好，适用于肉瘤) 3.有没有检测后的靶向药物？ 不一定。首先，大部分癌症并不是单纯由突变引起的，所以很多癌症患者可能并没有突变靶点；第二，即使检测到了突变的靶点，在现阶段也可能没有临床意义，也就是说，没有批准的药物可以使用。那些大胆的人可以解读报告并超越指南，针对突变类型跨癌症类型用药。 4.选择什么样的标本？ 顺序为：近期手术或活检一年内新取的组织样本，胸腹水中最新的血液样本，1-2岁以上的旧组织样本。注意：目前很多检测公司都不建议使用1年以上的机构。 了解之后，再回到市场上检测公司和产品的对比。 基因检测和分类 基因测试分为两类，一类是消费者测试，类似于儿童天赋测试，或者说是满嘴口水评价各种天赋。大部分都是满大街跑的骗子，大部分都是以基因检测为噱头的现代算命先生。真正做研究做市场的很少。另一个是医学临床试验，这是我们今天讨论的重点。 限于个人精力，只能说说市场上的主流公司，一些小公司无法一一列举。我们只能暂时提到他们，但是我们建议你尽量远离小公司。 先说资历： 首先看资质。国家卫生和计划生育委员会对市场进行了监管。目前国家对基因检测有严格的监管，申请相关资质有严格的程序。目前，华大基因、基因、博奥贝瑞、康已获得国家高通量测序仪资质。卫计委首次公布的高通量测序试点单位如下： 随后，卫计委还公布了第二批、第三批(109家医疗机构获批高通量测序NIPT临床试验)、第四批，以及最近的肿瘤检测试点单位。当然这个数据时间也比较长。行业内一些相对好的企业在前几批没有上榜，不代表实力不好。让我给你一个清单。 其次，介绍了比较和检验公司间技术实力的几个指标： 说到对比，就不得不说数据了。就像大家买车的时候，会比较加速度，刹车距离，碰撞测试结果。能真实反映一个检测公司的技术实力。一个是基本的测试能力，一个是对测试结果的分析和解释。先说几个判断检测能力的指标： 覆盖率：一般指测序覆盖的区域在目标区域中所占的比例， 捕获效率：捕获效率是指被测序列(有效序列)与靶区域相比，与所有序列与参考基因组相比的比率。通常，目标区域的捕获效率在60和70之间。 测序深度：测序获得的碱基总数(bp)与基因组大小的比值，是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖率呈正相关，测序引起的错误率或假阳性结果会随着测序深度的增加而降低。 桑格测序：是第一代测序技术，准确率远高于第二代、第三代测序，因此被称为测序界的“金标准”，但其通量低，成本高。 NGS:高通量测序，也称为下一代测序(NGS)，是一种大规模的平行测序，大大降低了测序成本，大大提高了效率，并保持了较高的准确性。 第三代测序技术：以纳米孔单分子技术为代表的新一代测序技术被称为第三代测序技术。与前两代测序技术相比，它最大的特点是单分子测序，已经开始产业化。 全基因组测序(WGS):对全基因组的所有碱基进行测序，从而获得全基因组的序列信息。主要应用基本都是科研，个人没必要，太贵了。 外显子测序：(WES)是最常用的基因组测序方法。外显子是人类基因组的蛋白质编码区，通过序列捕获技术可以包含22000个基因。主要用于临床辅助判别疾病和寻找致病基因。 大板测序：就是热点测序，也叫靶向测序，主要是对一些选定的基因进行测序(当然是越多越好，688肯定比599好)。通常对已知的致病基因或感兴趣的基因进行测序，在临床上主要用于辅助疾病的诊断和治疗。 通过这些指标的对比，可以衡量测试产品的技术实力，对比参数，避免被坑。 测试结果的分析和解释 基因测序产生的原始数据不能反映任何有价值的信息，必须由专业人士进行分析和解读。现在生物信息学分析涉及的基因数据库、云计算算法、数据分析工具、生物信息学专业人员是整个基因测序行业的四大难题。主要原因是数据量巨大，数据复杂，数据专业化程度高。目前这个市场份额基数较小，蕴含着巨大的市场潜力。世界上只有少数测序服务公司有能力提供基因数据分析咨询服务。 介绍一下比较指标，说说行业现状。 基因测试 中游是基因检测服务商，采购上游公司生产的测序仪器和配套试剂，提供基因检测服务。大部分集中在中游。相对来说，上游的公司技术全面，利润丰厚，中游的厂家很多都是给上游打工的。 面向下游基因检测服务用户，包括个人用户。 目前国内的基因检测市场就像春秋时期一样。大大小小的公司都在争相布局行业，扩大受众。他们有的有自己的人类基因库，通过技术实力开发自己的二代测序仪，有的小公司则是通过医院拉拢客户，通过高额回扣占领医院科室。 最后说说几家公司的技术实力。 由于国内基因检测公司中游的中小公司多为测序仪、试剂、耗材的上游厂商工作，技术实力相对一般。关系类似于整机厂商和CPU处理器的关系。国内很多检测公司用的都是Illumina的测序仪，国内有深厚积累的也用自己的测序仪，比如华大的BGISEQ1000(基于完全基因组学的测序平台)，贝瑞和康(用Illumina生产的新型测序仪)，基因的DA8600(基于LifeTechnologies的离子质子的测序平台)。 在耗材领域，测序试剂、耗材和检测项目的开发，国内头部测序检测厂商也有一定布局。 与其他行业不同的是，国内基因检测的技术实力与欧美国家相差无几，拥有多个全球最大的基因组研究中心，如华大基因，是最早开展二代测序的基因检测公司，参与了人类基因组计划，在国内外科研院所和高校得到了广泛认可。不过公开宣传一般，有自己的新一代测序仪，尤其是它的基因变异数据库，有丰富的自建数据库。毕竟这家公司的经营年限最长，另外值得一提的是，燃石和贝瑞和康是最早拿到牌照的公司，也是国内较早开展基因检测的公司。 国内其他主要的第三方基因测序机构有思迪、诺禾致远、贝瑞和康、上海美琪、千禧基因、安诺犹大、爱建生物、金奎大基因、金诚检验、爱德生物、迪安诊断等 最后简单说一下测试产品。 本来想说说市面上几家公司的产品，但是树敌太多容易。一、了解详情或者某公司产品细节的关注我。说吧，就说一个我在文章里比较了解的公司吧。以此为例。 市场上绝大多数产品都是NGS产品。一些国外公司，如罗氏，提供312个基因，而国内公司提供599或400多个面板。数量取决于套件。当然，检测到的目标基因越多越好。比如华大的688面板。 至于价格，就说说同类型的大面板测试吧，几千到两万不等。有的外企提供312个基因就敢要价2万左右。真的要看国内人傻钱多不多了。有的公司比较便宜，有的公司比较贵。便宜不代表产品不好，因为他们有的专注于打造自己的实力，提升自己的检测能力和数据库，然后让利给消费者。其他的更贵，因为要打通医院和科室医生。