根据您所描述的情况，在填写公司注册申请（备案）时，应填写变更后的公司名称，即新名称。详细情况如下： 根据相关规定，公司名称变更时，必须提交名称变更登记。新名称核验后，相当于重新注册公司，向工商局提交经营场所、经营范围和相关负责人的身份证资料，重新设立，取得业务执照。
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