首先要明确贵公司（分公司）属于独立核算还是非独立核算：
        你说：我的所得税是征收认证的，但我公司的性质是一般纳税人的工业企业。
        因此，可以判断你的公司是非独立核算，你所开具的发票应该只是费用等发票，并没有抵扣增值税的增值税专用发票，对吧？那就没事了。因为，关于征收，只是以销售收入为基数按固定比例作为应纳税所得额，再乘以所得税率计算征收的一种所得税征收方式，与利润无关（即不分盈亏，只要有销售收入就应缴纳所得税）。无须结清及缴付征款。
        如果不征收，应该也没有太大的问题，因为你们不是独立核算，所以费用应该由总公司统一来做，你们这样做，只是作为帮助总公司垫付款项，没有影响